Από το 2004, το Ίδρυμα Ευγενίδου συμμετέχει ως συντονιστής ή εταίρος σε ευρωπαϊκά προγράμματα Έρευνας και Ανάπτυξης στους τομείς της επιστήμης, της τεχνολογίας και της ναυτικής εκπαίδευσης. Αξιοποιώντας την τεχνογνωσία του, αναπτύσσει συνεργασίες με πανεπιστήμια, ερευνητικούς και εκπαιδευτικούς φορείς, οργανισμούς και επιχειρήσεις στην Ελλάδα και το εξωτερικό, μετατρέποντας τη γνώση και τα αποτελέσματα των έργων σε σύγχρονες εκπαιδευτικές δράσεις και εργαλεία με ουσιαστικό κοινωνικό αντίκτυπο.
Υπεύθυνη Ευρωπαϊκών Έργων είναι η Χριστίνα Τρουμπετάρη.