Το Ίδρυμα Ευγενίδου αποτελεί σταθερό στυλοβάτη της ναυτικής εκπαίδευσης της Ελλάδας τα τελευταία 70 χρόνια έχοντας διαχρονικά πρωταγωνιστικό ρόλο στον τομέα αυτό, που οφείλεται σε μια σειρά από δράσεις και δραστηριότητες. Ήταν από τους πρώτους τομείς στους οποίους επικεντρώθηκε, αφού ήδη από το 1958 δημιουργείται στο Ίδρυμα η Επιτροπή Εκδόσεων για τη Ναυτική Εκπαίδευση, που λειτουργεί μέχρι σήμερα με την συμμετοχή και στελεχών του Υπουργείου Ναυτιλίας. Σκοπός της η συγγραφή εκπαιδευτικών βιβλίων για τις Σχολές Εμπορικού Ναυτικού, τα οποία θα αποτελούν και εκπαιδευτικά βοηθήματα για το στελεχιακό δυναμικό της ναυτιλίας γενικότερα. Επί 70 χρόνια το Ίδρυμα Ευγενίδου εκδίδει υψηλού επιπέδου εκπαιδευτικά βοηθήματα – οι τρέχοντες τίτλοι ξεπερνούν τους 65 και οι εξ αρχής τους 170 - καλύπτοντας πλήρως τις ανάγκες των Ακαδημιών Εμπορικού Ναυτικού.
Η προσφορά του στη ναυτική εκπαίδευση δεν περιορίζεται στις εκδόσεις του. Συμμετέχει στην διαμόρφωση των αναλυτικών προγραμμάτων των μαθημάτων στις ΑΕΝ. Ενισχύει επίσης οικονομικά διάφορους τομείς της ναυτικής εκπαίδευσης με δωρεές για την αναβάθμιση των υποδομών και του εξοπλισμού των ΑΕΝ, με την παροχή υποτροφιών για σχετικές σπουδές σε στελέχη του Λιμενικού Σώματος, με την εκπόνηση μελετών και την οργάνωση συνεδρίων για τη ναυτική εκπαίδευση, με την παροχή πρόσβασης σε ναυτιλιακές βάσεις δεδομένων μέσω της βιβλιοθήκης του και με τη συμμετοχή σε σημαντικά ναυτιλιακά Ευρωπαϊκά προγράμματα. Συμμετείχε επίσης με σημαντική χορηγία στην αγορά του εκπαιδευτικού ιστιοφόρου «Ευγένιος Ευγενίδης», το οποίο χρησιμοποιήθηκε για πολλά χρόνια για την εκπαίδευση των δοκίμων του Εμπορικού Ναυτικού.
Ο καθοριστικός του ρόλος στην ναυτική εκπαίδευση έχει επίσης παγιωθεί από το γεγονός ότι το Ίδρυμα Ευγενίδου έχει καταστεί τις τελευταίες δεκαετίες ο βασικός θεσμικός συνομιλητής του Υπουργείου Ναυτιλίας για τα θέματα όχι μόνο της ναυτικής εκπαίδευσης αλλά και γενικότερα της ελληνικής ναυτιλίας. Στο πλαίσιο άλλωστε αυτό, το Υπουργείο Ναυτιλίας ανέθεσε στο Ίδρυμα την διαμόρφωση της στρατηγικής για ένα νέο θεσμικό πλαίσιο για την ναυτική εκπαίδευση και τον προσδιορισμό των βασικών αξόνων δράσης για την υλοποίησή του. Η σχετική έκθεση που υποβλήθηκε από το Ίδρυμα αποτελεί την βάση για την διαμόρφωση του σχετικού νομοθετικού πλαισίου, που βρίσκεται υπό διαμόρφωση στο Υπουργείο Ναυτιλίας.
Παράλληλα το Ίδρυμα ηγείται της προσπάθειας ψηφιακού μετασχηματισμού της ναυτικής εκπαίδευσης με την ανάπτυξη ψηφιακών εκπαιδευτικών εργαλείων αλλά και την δημιουργία των προϋποθέσεων που απαιτούνται για την λειτουργία ψηφιακής διδασκαλίας.
Για την πολυσχιδή και μακρόχρονη συμβολή του στη ναυτική εκπαίδευση, το Ίδρυμα Ευγενίδου τιμήθηκε το 2016 με το βραβείο «Achievement in education or training» των «Lloyd’s Awards».