Η διοίκηση και η διαχείριση του Ιδρύματος Ευγενίδου ασκούνται από τη Διοικούσα Επιτροπή, το ανώτατο διοικητικό και διαχειριστικό όργανο του Ιδρύματος. Με γνώμονα την εκτέλεση του κοινωφελούς σκοπού του Ιδρύματος, η Διοικούσα Επιτροπή λαμβάνει τις αποφάσεις που διασφαλίζουν, μέσω της χρηστής διαχείρισης και αξιοποίησης της περιουσίας του, τη διαχρονική συνέχιση του κοινωφελούς έργου του.
Στο πλαίσιο των αρμοδιοτήτων της, η Διοικούσα Επιτροπή δύναται να παρέχει ειδικές και συγκεκριμένες εξουσιοδοτήσεις ως προς την εκπροσώπηση του Ιδρύματος, την άσκηση διοίκησης και την εκτέλεση των αποφάσεών της, διατηρώντας τη θεσμική ευθύνη.. Από το 2024, κατόπιν σχετικής εξουσιοδότησης της Διοικούσας Επιτροπής, διοικητικά καθήκοντα ασκεί ο Καθηγητής Ιωάννης Γκόλιας, πρώην Πρύτανης του Εθνικού Μετσοβίου Πολυτεχνείου.